اهداف تشکیل این مرکز شامل موارد زیر است:
- پژوهش در زمینه‌های مختلف علوم اعصاب به منظور ارتقاء این علم در سطح کشور و جهان، که این تحقیقات می‌تواند به صورت طرح‌های ملی کاربردی در نیل به خودکفایی در جهت بررسی داروهای موثر برسیستم عصبی و نیز به صورت بنیادی جهت رسیدن به مرزهای دانش در سطح بین‌المللی باشد.
- در سطح آموزش، کمک به تشکیل دوره‌های تحصیلات تکمیلی و تخصصی دانشگاهی به منظور تربیت متخصصان این رشته
- تشکیل کارگاه‌های آموزشی و پژوهشی به منظور آشنا نمودن محققان جوان این رشته با تکنیکهای جدید پژوهشی
- معرفی مطالعات و تحقیقات انجام شده در علوم اعصاب در کشور به مراکز علمی بین‌المللی
- برگزاری کنگره‌ها و سمینارهای داخلی و بین‌المللی به منظور ارائه دست آوردهای پژوهشی محققان و برقراری دوره‌های بازآموزی برای صاحبان حرف پزشکی
- برقراری و ایجاد ارتباط بین محققین رشته‌های بنیادی و بالینی علوم اعصاب از طریق اجرای طرح‌های تحقیقی جهت شناسایی مکانیسم ایجاد بیماری‌های عصبی